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目的 探讨转录因子SOX11在视网膜母细胞瘤(RB)中的表达及与其表达相关的基因和细胞通路。方法 在美国国家生物技术信息中心的GEO数据库中下载包含76例RB患者癌组织全mRNA表达谱的公共数据集gse59983。根据15个标记基因表达情况将其分为细胞周期标记基因组(组1)、椎光感受器标记基因组(组2)及视杆光感受器标记基因(组3)。组1、组2、组3分别包含26、4、46例患者。利用R2生物信息平台(http://r2.amc.nl)分析gse59983公共数据集,观察3组患者癌组织中SOX11的表达,同时确定SOX11相关基因。根据基因相关性,绘制聚类热图,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析工具、基因注释(GO)分析法对SOX11的相关基因及通路进行初步分析。结果 组1患者癌组织中SOX11表达明显高于组2、组3,差异均有统计学意义(P<0.001);组3患者癌组织中SOX11表达明显高于组2,差异有统计学意义(P<0.001)。共检测出与SOX11表达显著相关的基因4524个;其中,正相关基因2139个,负相关基因2385个。筛选SOX11及与其关联性最强的16个基因绘制聚类热图,SOX11与SOX11显著关联基因的聚类形式和原始形式大致相同。KEGG及GO分析结果显示,SOX11相关基因涉及调控有丝分裂细胞周期、细胞凋亡、光感受器细胞发育、光感受器细胞保护等。结论 SOX11在不同类型或不同时期RB中的表达存在明显差异,与其表达显著关联基因参与调控细胞周期。

引用本文: 宋昊刚, 王乐, 赵君. SOX11在视网膜母细胞瘤中的表达及意义. 中华眼底病杂志, 2020, 36(6): 430-434. doi: 10.3760/cma.j.cn511434-20190509-00175 复制

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